協会は、薬学会の先生の強いご要請により設立されております。
国民皆保険制度が制定され、薬剤の公費負担投与が実現されて、技術革新による薬科機器に対する期待が高まってきた昭和36年、薬学会・石坂事務局長、東大・野上教授、京大・掛見教授、阪大・青木教授、横浜市大・桜井教授、東京女子医大・森川教授、東京逓信病院・宮崎薬剤部長、三楽病院・不破薬剤部長の諸先生方より、薬学会年会における機器展示の要望と、協会設立の提唱が当時の展示業者に対してありました。
業者としても、統一団体を作って先生方の便宜を計るべきであるとの強い希望があって、昭和38年、展示業者によって発起人会が開催され、同年日本薬科機器協会の設立をみるに至りました。
その後、日本病院薬剤師会、日本薬剤師会の学術大会、医療薬学会における機器展示も、薬学会同様各学会と切り離せない行事として、大学薬学部、病院薬剤部、調剤薬局、研究所等先生方の強いご要望とご支援により開催しております。

本会の設立目的は、会員の進歩発展を図るために下記の事業を行い、かつ会員相互の親睦を図ることを目的とする。

本会の事業

• 日本薬学会及びその他の学会に機器展示会を主催または協賛し､会員の展示参加を取り扱う。
• 会報の発行。
• 薬科機器に関する出版物の刊行または配布を実施またはこれに協力する。
• 薬科機器およびこれに関連のある講演会・講習会・座談会・見学会などを実施またはこれに協力する。
• 薬科機器の輸出振興に関する事業。
• 薬科機器に関する研究の助成。
• その他本会の目的達成に必要な事業。
• 日本薬学会､日本病院薬剤師会､などの賛助会員として､その活動を支援する｡

現在、日本薬学会　長井記念館に事務所を置き、展示会を主催するとともに、日本薬学会、日本薬学研究奨励財団、日本医療薬学会、日本病院薬剤師会の協賛会員として　その活動を支援しております。